Õppeosakond
Õppeosakond vastutab KVÜÕAs õppetöö läbiviimise ning selle kvaliteedi eest. Õppeosakonna koosseisu kuulub neli õppetooli ning kaitseväe Keelekeskus ja planeerimisjaoskond. Õppetoolide tegevuse ühine eesmärk on koostöös Kõrgema Sõjakooliga koolitada kompetentseid sõjaväelisi juhte – anda neile teoreetilised teadmised ja praktilised oskused nooremohvitseri ametikohal teenimiseks erinevates kaitseväe väeliikides ehk oskused oma alluvate juhtimiseks, õpetamiseks, hindamiseks ja hoiakute kujundamiseks.
Taktika õppetool
Taktika õppetool on õppeosakonna suurim osa ja selles töötavad õppejõududena kaadrikaitseväelased. Paljud neist on KVÜÕA vilistlased, omavad missioonikogemust rahvusvahelistel sõjalistel operatsioonidel ja kriisikolletes ning on ennast täiendanud erinevates Euroopa ning Ameerika sõjaväelistes õppeasutustes. Taktika õppetooli poolt õpetatakse eelkõige sõjaväelisi aineid: kaitseväe erinevate juhtimistasandite struktuuri ja ülesandeid, taktikat, relvastust, väljaõppe korraldamist ja selle kontrollimist, samuti erialase spetsialiseerumisega seotud aineid.
Loodus- ja täppisteaduste õppetool
Loodus- ja täppisteaduste õppetooli ülesandeks on korraldada ja läbi viia õppetöö järgmistes valdkondades: täppisteadused (matemaatika, füüsika, statistika); loodusteadused (geoinformaatika, geoloogia, meteoroloogia); majandus (raamatupidamine, logistika, otsustusprotsessid, majandusgeograafia); tehnikateadustes (inseneriõpe, arvutiasjandus, materjaliõpetus, sidetehnika, elektrotehnika, ehitusmaterjalid jpm). Loodus- ja täppisteaduste õppetooli õppejõudude poolt õpetatakse tulevastele ohvitseridele teadmisi, mis on ühelt poolt vajalikud igapäevases teenistuses ja teiselt poolt arendavad loogilist ja süsteemset mõtlemist ning seoste nägemise oskust.
Humanitaar- ja sotsiaalteaduste õppetool
Humanitaar- ja sotsiaalteaduste õppetooli õppejõudude poolt viiakse läbi õppeained, mis aitavad ohvitseril mõista oma rolli juhina ja kodanikuühiskonna liikmena. Samuti antakse tulevastele ohvitseridele edasi oskust teaduslikke, ühiskondlikke, õiguslikke ja eetilisi tõekspidamisi arvesse võttes hinnata erinevate hoiakute ja tegevuste mõju Kaitseväele ja ühiskonnale.
Strateegia õppetool
Strateegia õppetooli õppejõudude poolt läbi viidav õppetöö on suunatud julgeolekupoliitika, kaitsestrateegia, maailma- ja Eesti sõjaajaloo õpetamisele. Lisaks õppetööle tehakse strateegia õppetoolis ka uurimis- ja teadustööd sõjaajaloo, sõjakunsti ning julgeolekupoliitika vallas. See on suunatud Eesti sõjaajaloos väheuuritud sündmuste käsitlemisele, erinevate konfliktide ja sõdade süstemaatilisele uurimisele (eesmärgiga luua alused Eesti oma sõjateadusele ning sõjalise mõtlemise arengule) ning kaasajal maailmas arenevate sündmuste paremale mõistmisele.
Kaitseväe Keelekeskus
Keelekeskuse ülesandeks on anda õppurile teadmised ja oskused enda korrektseks väljendamiseks nii suulises kui ka kirjalikus vormis. Keeleõppe õppeained keskenduvad eesti keele ning võõrkeele (peamiselt inglise keele) õpetamisele lähtudes tänase ohvitseri töökeskkonnast, milles ta peab hakkama saama. Keeleõpet tõhustatakse uute õppemeetodite (sh e-õppe) rakendamise ning õppejõudude kvalifikatsiooni tõstmise abil. Sõjalise erialakeele õpetamine lõimub õppeasutuse teiste tegevusvaldkondadega.
Planeerimisjaoskond
Planeerimisjaoskond koostab üliõpilaste igapäevased tunniplaanid lähtuvalt õppekavast, akadeemilisest kalendrist ning väljaõppeplaanist. Ühtlasi on planeerimisjaoskond struktuuriallüksus, mille eestvedamisel toimub õppetööd reguleerivate eeskirjade koostamine ja ajakohastamine, õppetulemuste haldamine ning erinevate õppetööd puudutavate dokumentide väljastamine. Planeerimisjaoskond korraldab selliseid õppeasutuse olulisemaid tegevusi nagu sisseastumiskatsed, lõputööde kaitsmised jne.