Őppeosakond viib läbi õppetööd ja tema koosseisu kuuluvad taktika, strateegia, loodus- ja täppisteaduste, humanitaar- ja sotsiaalteaduste õppetoolid, keelekeskus, raamatukogu ja planeerimisjaoskond.

Üldosakond viib läbi õppeasutuse personalitööd, korraldab dokumendihaldust, side- ja infotehnoloogilist teenindamist, julgeolekualast tegevust, kaplaniteenistust ning avalike suhete alast tegevust.

Logistikaosakond korraldab õppeasutuse valduses oleva riigivara haldamist ning õppeasutuse tegevuseks vajaliku vara hankimist ja korrashoidu ning tagab õppeprotsessi läbiviimiseks vajaliku logistika.

Rahandus- ja eelarvejaoskond korraldab õppeasutuse raamatupidamist ja finantsarvestust.

Kõrgem Sõjakool (KSK) korraldab kadettide (põhikursusel õppijate) ja kuulajate (keskastmekursusel õppijate) tegevteenistust õppeasutuses. Kadetid ja kuulajad on Kõrgema Sõjakooli ülema otsealluvuses.

Täiendõppe Keskus (TÕK) korraldab täiendõppel viibivate kaadrikaitseväelaste teenistust õppeasutuses, välisriikides ja rahvusvahelistes riigikaitselistes õppeasutustes. Täiendõppel viibivad kaitseväelased on TÕK-i ülema otsealluvuses.

Kaitseväe Side- ja Infosüsteemide Väljaõppe- ja Arenduskeskus (SIVAK) viib ellu kaitseotstarbelisi side, infotehnoloogia ja infooperatsioonide arendusprojekte ning korraldab erialast koolitust.

Väljaõppevahendite Keskus korraldab väljaõppevahendite väljatöötamist nii KVÜÕA-le kui kaitseväele.

Rakendusuuringute Keskus (RUK) korraldab Eesti kaitseväe doktriinide ja kaitseplaneerimise arendamist ning ülevaadete ja analüüside koostamist sõjaliste operatsioonide kogemustest lähtuvalt. Seda tehakse koostöös NATO ja Euroopa Liidu ning nende liikmesriikide asjaomaste struktuuriüksustega.