Őppeasutuse struktuuriüksused: õppeosakond, üldosakond, logistikaosakond, rahandus- ja eelarvejaosakond, Kõrgem Sõjakool, Täiendõppe Keskus, Kaitseväe Side- ja Infosüsteemide Arenduskeskus, Väljaõppevahendite Keskus, Rakendusuuringute Keskus.