Peale mõneaastast teenistust on õppuritel võimalus jätkata õpingud keskastmekursusel, mis on ühtlasi sõjaväelise kõrghariduse teine aste.

Kaheaastases magistriõppes toimub omandatud üld- ning erialateadmiste ja -oskuste süvendamine ning kitsam erialaõpe. Magistriõpe võimaldab jätkata õpinguid varem omandatud erialal ning saada ettevalmistus teenistuseks jalaväepataljoni ja jalaväebrigaadi staabis, sõjaaja pataljoniülema ametikohal või nendega võrdsetel ametikohtadel. Õppekava võimaldab jätkata õpinguid varem omandatud jalaväe, side, pioneeri, õhutõrje, suurtükiväe või logistika erialal ning saada vastava väeliigi staabiohvitseri ettevalmistus.

KVÜÕA sõjaväelise juhtimise magistriõppe õppekava koosneb kolmest suuremast osast – alus- ja suunaõppe moodulist ja erialamoodulist. Alus- ja suunaõppes antakse lisaks sõjaväelistele distsipliinidele kuulajatele terviklik ja nüüdisaegne, kaitseväele ning riigile püstitatud nõudeid ja ülesandeid arvestav akadeemiline haridus. Lisaks kohustuslikele õppeainetele on kuulajatele antud võimalus valida valikaineid mitmete erinevate valdkondade aineblokkide vahel. Suunaõppe eesmärk on valdkonnasisene spetsialiseerumine pataljoniülema ja staabiohvitseri tasemel vajaminevate teadmiste ja kutseoskuste omandamiseks. Varem jalaväe erialale spetsialiseerunud ohvitserid omandavad magistriõppe erialaõppes jalaväepataljoni ja -brigaadi staabi luureohvitseri, operatiivohvitseri ning pataljoni staabiülema kutseoskused. Pärast erialaõppe läbimist täidavad ohvitserid suunaõppe raames toimuvatel praktilistel harjutustel ametikohti, mis vastavad nende erialale. Samas saavad kõik ohvitserid üldise staabitöö ettevalmistuse.
Pärast alus- ja suunaõppe läbimist on tulevastel ohvitseridel võimalik õpinguid jätkata juba spetsiifilistel sõjaväelistel õppesuundadel - jalaväe, side, pioneeri, õhutõrje, suurtükiväe või logistika erialal. Magistrikraadi omandamist tõendava diplomi saamiseks on samuti vaja kirjutada magistritöö.

Pärast keskastmekursuse lõpetamist ja eeskujulikku teenistust kaitseväes on ohvitseril võimalik jätkata õpinguid juba Kaitseväe Ühendatud Õppeasutega samas majas paiknevas Balti Kaitsekolledžis, mis annab vanemstaabiohvitseri ettevalmistuse ja on ühtlasi ohvitseri hariduse kolmas aste.

Ohvitseri hariduse neljas aste viiakse läbi kõrgemate staabiohvitseride ja  kindralstaabiohvitseride kursusena.